Организационно ВМС состоит из 4-х военно-морских командований и штаба в г. Дели:

 Восточное (Eastern Naval Command г. Визакхапатнам)

 Западное (Western Naval Command г. Мумбай)

 Южное (Southern Naval Command г. Кочин)

 
Командование на Андаманских и Никобарских островах (Andaman and Nicobar Command, порт Блэр)

По своей структуре командования – это оперативно-стратегические объединения, в нашем понимании – флоты, в составе которых надводные и подводные силы, береговые части и авиация. Руководит командованием командующий, вице-адмирал (Flag Officer Commander-in-Chief). Надводные корабли океанской зоны сведены в понятие – флот. Существует Восточный флот и Западный флот в составе своих командований по аналогии со 2-м, 6-м и 7-м флотами США. Командующий флотом (Flag Officer Commanding) по своему положению – второй человек после командующего командованием непосредственно подчинен ему. В нашем понимании это командир оперативной эскадры. Большую часть времени командующий флотом вместе с флотом проводит в море. Начальник штаба командования – третий по положению. Чтобы стать командующим командованием, ему необходимо обязательно пройти должность командующего флотом, и неважно, подводник это, летчик или надводник. То есть он должен получить опыт командования крупным оперативным разнородным соединением непосредственно в море. В структуре командования всего один вице-адмирал и 2–3 контр-адмирала.

Самый крупный флот – Западный, так как там авианосцы. Подводные лодки размещены в двух базах – Мумбае (варшавянки и германские 209-й серии) и Визакхапатнаме (641 пр. и варшавянки). Командуют этими соединениями коммодор West и коммодор East соответственно. Существует у них и должность, аналогов которой у нас нет – помощник начальника штаба ВМС по подводным лодкам (Flag officer submarines). Мы его называли командующим подводными силами Индии, хотя строго формально он им не является. На него возлагаются обязанности по обучению, комплектованию, организации боевой подготовки и контроля за ней, обобщение опыта эксплуатации подводных лодок и борьбы за живучесть, выработка предложений по их оперативному использованию и закупкам их за рубежом. Недавно, например, принято решение усилить подводный флот шестью французскими «Скорпенами», которые будут строить в Мумбае по лицензии.

Командование на Андаманских и Никобарских островах – новое Командование, организованное в связи с активизацией флотов Малайзии, Таиланда и Мьянмы (Бирмы). Значительно возросло влияние Китая в регионе посредством присутствия своих сил в Мьянме. Установленная на одном из островов, принадлежавшем Мьянме, в Бенгальском заливе китайская станция радио- и радиотехнической разведки способна контролировать Бенгальский залив, Андаманское море, Малаккский пролив и территорию Индии. Малайзия впервые в своей истории закупила у Франции подводные лодки. Короче говоря, регион быстро насыщается оружием, особенно морским. Это командование в отличие от остальных имеет в своем составе кроме морских сил сухопутные войска и группировку ВВС по аналогии с нашим Калининградским особым районом и группировкой войск и сил на северо-востоке. Командует этим командованием поочередно: моряк, общевойсковик и летчик.

Южное командование является учебным командованием. Здесь сосредоточены почти все учебные заведения для офицеров, матросов, а корабли занимаются обеспечением практики всех категорий личного состава.